Annual Poster Day

Durante el pasado sabado 21 de marzo se llevo a cabo el Annual Poster Day del programa Biominds, en donde los participantes de este tuvimos la oportunidad de presentar nuestro trabajo de investigacion realizado durante los ultimos tres semestres como parte del programa. En esta actividad visite tres poster donde pude evaluar a los presentadores y de tambien aprender un poco del trabajo que hacen otros estudiantes del programa.

D.D. Colon-Lopez : Translational Control of Human Interleukin-3 Mediated by its 3′UTR Adenine Uridine-rich Sequences

Este fue el primer poster que tuve la oportunidad de visitar. Considero que su poster estaba bastante completo, que ella estaba muy preparada y presentaba seguridad al explicar su trabajo. A pesar de que fue la presentacion mas larga de todas, el ruido no me permitia escuchar bien lo que me hablaba por que ella me iba explicando lo mas sencillo que pudiera. Sobre la importancia de su investigacion es que se relacion al cancer y estos estudios puden proveer una herramienta para prevenir ciertos tipos de cancer.

Hernandez-Garcia, G. : Comparison of Physiological Conditions During Biofilm Formation of Bacillus subtilis eftA Mutant Incapable of Calcite Formation

De todos las presentaciones esta fue la mejor que pude retener mayor informacion. En la bacteria Bacillus subtilis cuando falta el gen eftA acumula una capa de un compuesto de calcio alrededor de ella en ambientes hostiles debido a la acumulacionde NADH, el efecto de esta acumulacion del compuesto de calcio (calcita) es la muerte del microoganismo. La presentadora se mostro segura  al presentar su trabajo, ademas de que su poster estaba organizado y completo.

S. de Jesus : Chemical and Microbial Vertical Stratification in a Eutrophic Tropical Estuary System

Este fue el ultimo poster que visite y como ya no daba tiempo el presentador trato de explicar su trabajo los mas rapido posible. Hubiese sido mejor con un poco mas de tiempo, pero de todos modos se mostraba que conocia bien sobre el trabajo presentado y al igual que los otros su trabajo estaba presentado de forma organizada y completa. En esta investigacion se estudia la diversidad de microorganismos en la columna de agua en el Mandry Channel(Humacao).

Abstract

Myoglobin encapsulation in Sol-gels

Hemoglobin I (HbI) from Lucina pectinata, a clam, reacts with hydrogen sulfide to form the ferric sulfide complex. The interaction between HbI and H2S will be studied using Sol-Gel encapsulation methods. Since Sol-Gels are transparent crystalline polymers its permits obtain UV spectrums from the encapsulating proteins. Myoglobin was encapsulated in the crystalline polymer at different concentrations and studied through UV Spectroscopy to determine the correct concentration to prepare the Sol-Gel for the reaction study. This concentration was obtained from an absorbance and concentration linear relationship using Beer-Lambert law.

Mas Sol-gels

Durante el pasado mes estuve ense~andole a mi compa~era a como preparar los Sol-gels. Ahora tengo un nuevo compa~ero al cual tambien estuve ense~andole la tecnica de Sol-gel y sobre los objetivos de este trabajo encapsulando Mioglobina. Actualmente estoy preparandolos a diferentes concentraciones y determinar a que concentracion se satura la muestra en el espectro UV. He tenido ciertos problemitas ya que necesito unas celdas especiales para poder tomar espectros a los Sol-gel con Mioglobina en Raman. El preoblema es que el profesor me hablo de una celda pero estoy hablando con una de las muchachas que trabaja en el lab de Raman y pues ella me mostro la celda que estan utilizando y es bien diferente a la idea que el profesor tiene. Por lo que estamos pensando como integral la otra celda a Raman o como preparar el el Sol-gel para la otra celda. Hasta el momento creo que he realizado un 80% de lo que me propuse el mes pasado. Mas adelante les hablare de como me ha ido con la odisea de la celda para Raman.

Encapsulacion de Mioglobina

Este semestres estare trabajando otra vez con los Sol-Gels, pero esta vez estare trabajando con espectroscopia ultravioleta. Estare estudiando Mioglobina encapsulada en un Sol-Gel y haciendo analisis en el espectrofotometro. El objetivo de este experimento es preparar los Sol-Gels a diferentes concentraciones de Mioglobina para determinar una concentracion optima. Esta concentracion sera la que se usara mas adelante para estudiar la reaccion de HbI con H2S, pero esta vez encapsulando HbI. Es necesario determinar la concentracion con Mioglobina porque la hemoglobina (HbI) es limitada y no podemos estar desperdiciandola ya que toma mucho trabajo y tiempo obtenerla.

Basicamente seguire utilizando las mismas tecnicas del semestre anterior, estare utilizando los mismos materiales y equipos. Este semestre tengo la ventaja que tengo una compa~era de trabajo, que es nueva en el lab y he estado estos dias mostrandole el lab, como usar los equipos, explicandole lo que hago y a como preparar los Sol-Gels.

Ultima Entrada

Hasta la fecha no tengo ningun resultado sobre mi proyecto de investigacion del semestre. Solamente he preparado los Sol-gels en la celdas de cuarzo para el UV, pero aun no he podido correr ninguno de estos con la reaccion de HbI con H2S. Este semestre ha sido muy dificil para mi en la investigacion ya que son procedimientos que requieren de varias horas corridas y yo estoy haciendolo todo sola. Por lo que solo he preparado Sol-gels y no he podido hacer la reaccion porque esta necesita mayor tiempo de preparacion que el Sol-gel. Para preparar la reaccion se necesita que todos los reactivos este completamente degasificados y purgados y se requiere de 3 ciclos para asegurarnos que el oxigeno no interfiera. Esto toma como 3 horas corridas y luego hay que preparar la solucion para el UV en el Sol-gel. Esto ultimo es lo que no he podido hacer. El problema este semestre fue que yo no tengo suficientes horas entre clases para poder hacer esto y se suponia que una muchacha estuviera trabajando conmigo para ver si nos turnabamos pero ella nunca estaba disponible y la verdad que sola es bien dificil hacerlo todo porque no se pueden dejar las cosas ahi reposando, todo tiene que ser seguido. Otro problema que he afrontado las ultimas dos semanas es que cuando voy al lab no hay nitrogeno, o alguien mas lo esta usando, y no puedo purgar la muestra, eso tambien me ha atrasado un poco. Yo esta ultima semana y media de clases voy a tratar de llevar a cabo la reaccion, como ya se me han terminado varias clases tengo mas tiempo disponible. Realmente siento no haber podido presentar resultados. Pero si los logro obtener antes de acabar las clases estare comentando sobre estos aqui. A pesar de estos inconvenientes he aprendido cosas nuevas.

Para mis planes del proximo semestre realmente no se que decirles. Estoy viendo otros proyectos y quizas cambie de investigacion y de profesor, pero como no es seguro aun pues no puedo hablar de nada al respecto. Eso si me quedara en lo que trabajo actualmente pues seguire estudiando la reaccion de HbI-H2S, para ver como HbI puede retirar el H2S.

Sol-gels, HbI e importancia

Durante el pasado mes estuve practicando la preparacion del Sol-gel en diferentes celdas, no es tan facil como parece ya que se requiere de que la solucion de TMOS con HCl mezcle bien con la proteina utilizada. Hasta el moemento he utilizado Mioglobina en lugar de Hemoglobina para asi no estar desperdiciando la hemoglobina ya que esta requiere de mucho tiempo de purificacion y no es facil conseguirla tan rapido. Hasta el momento no he obtenido resultados en cuanto al estudio del Sol-gel con la reaccion estudiada ya que he estado un poco atrasada porque estoy esperando por unos resultados de otra persona que tambien trabaja en la investigacion para yo poder seguir con mi experimento y poder obtener resultados.Por lo que en cuanto a lo que me propuse el mes anterior solo puedo obtener un 3 en la escala de 5 ya que solo he preparado los Sol-gels.

En cuanto a la aportacion cientifica de la investigacion en que trabajo es comprender la reaccion que lleva a cabo la hemoglobina con H2S. Esto es importante ya que cuando los humanos nos exponemos a altas concentraciones de H2S este se enlaza a la hemoglobina y no permite que se enlace el oxigeno, por lo que la hemoglobina no podra transportar el oxigeno. La hemoglobina con que trabajo es originaria de la almeja Lucina pectinata y es del tipo I, HbI. Esta hemoglobina enlaza H2S y puede liberarlo nuevamente. Es por esto que se estudia esta hemoglobina y el fin de todo el estudio que comprende otros proyectos que trabajan en conjunto es crear un sensor biologia para H2S. Espero con todas ansias poder brindarles algunos resultados en mi proxima entrada al blog ya que no he podido obtener nada hasta el momento.

Sol-gels

Durante el pasado  estuve aprendiendo a como llevar a cabo la reaccion de polimerizacion para preparar el Sol-gel en solucion con la emoglobina(HbI). Es un proceso bastante sencillo pero requiere de que se evite la presencia de agua lo menos posible para que se lleve a cabo la reaccion correctamente y se necesita de matener la solucion a baja temperatura todo el tiempo. El proposito de utilizar el Sol-gel para la hemoglobina es que luego que se lleve a cabo la reaccion con H2S, poder extraer el H2S y ver si la hemoglobina vuelve al mismo estado en que se encontraba antes de reaccionar con el H2S. Hasta ahora solamente he preparado Sol-gels y estoy haciendo pruebas tomando espectros UV para conocer que concentracion de hemoglobina se necesita para llevar a cabo el experimento. De lo que me propuse el mes pasado creo que he logrado un 3 de 5 debido a que aun no he empezado como tal a estudiar la reaccion de la hemoglobina con el Sol-gel. entre las dificultades que he afrontado este semestre es el tiempo debido a que estos procesos requieren de varias horas sin interrupcion, he tenido que estar algunos dias tarde en el lab porque mis horas libres entre clases no son lo suficiente para llevar a cabo los procesos en esos tiempos. Espero en la proxima entrada poderles hablar de la reaccion utilizando el Sol-gel.

Comezando el semestre

Durante el verano estuve participando en un programa de investigacion subgraduada de nanobiotecnologia en Cornell University en el area de Ciencias de Materiales. Estuve trabajando en un proyecto que envuelve el desarrollo de un sensor biologico para Bird Flu. Fue una experiencia unica y aprendi un monton, se la recomendaria a cualquiera.

Este semestre estare trabajando otra vez con el Prof. Juan Lopez Garriga en quimica. Se que habia mencionado algo de un proyecto que habia hablado con el pero resulta que estare trabajando en otro diferente pues mi experiencia de verano me encanto tanto que pues decidi quedarme en una investigacion que envolviera quimica. Esta vez voy a trabajar con la misma hemoglobina que trabaje el semestres pasado (HbI) pero utilizando Sol-Gel. La proteina va ser encapsulada en este polimero para estudiar la reaccion de HbI con H2S. Estas semanas estare aprendiendo a como preparar el Sol- Gel en solucion y luego podre comenzar el experimento con la hemoglobina.

Y al final…

En esta ultima entrada del semestre al blog les comentare sobre lo que he aprendido y lo que he realizado y logrado en esta nueva experiencia. Como habia comentado en la entrada anterior he aprendido diferentes tecnicas como: correr espectros de ultravioleta, crear un ambiente libre de oxigeno en las muestras, entre otras. Durante este mes he aprendido a como purificar la hemoglobina, es un proceso largo y se requiere de mucho cuidado pues hay quue estar bien pendiente a la elucion de esta por la columna porque se debe perder lo menos posible de esta. Tambien he aprendido a preparar buffers y a veces es algo tedioso pues como se necesita llevarlo a un pH en especifico hay veces en que se toma mucho tiempo en buscar el pH necesario.

Esta nueva experiencia ha sido de mucha importancia y de mucho interes, pues a pesar de que aun sigo aprendiendo la metodologia la cual tiene muchos procedimientos, he aprendido mucho. Al principio era un poco dificil pues tenia que ajustar mi rutina ya que en el laboratorio de investigacion se dedica mucho tiempo. Ademas habian veces en las cuales habia que ir otro dia diferente al que se acostumbraba y cuando ya uno tiene unos planes como que se hace un poquito de caos pero al final todo se puede. Yo creo que lo mas dificil ha sido ajustar la rutina y dividir el tiempo que de para todo pues uno tiene otras responsabilidades ademas de la investigacion.

Para el proximo semestre espero ya poder estar trabajando en la investigacion yo solita, sin tener a alguien que me vaya explicando paso a paso lo que se debe hacer, ademas he conversado con mi mentor y le he mencionado estar interesada en otro de sus proyectos que me llama mejor la atencion. Si mi mentor acepta mi propuesta estare trabajando en un nuevo proyecto, este consiste en aislar la bacteria que vive la relacion simbiotica con la almeja Lucina pectinata, pues aun no se ha identificado.

Luego de dos meses…

Durante estos dos meses he aprendido nuevas tecnicas de trabajo en el laboratorio. Como estoy trabajando con HbI y estudiar la interaccion con H2S se debe crear un ambiente sin oxigeno para que la hemoglobina no se enlace a este ultimo, esta es una de las tecnicas que he aprendido ya que hay que sacar todo el oxigeno de las muestras; y aunque es una tecnica bastante sencilla requiere un poco de tiempo y pues es la primera vez que trabajo en eso. Aunqe aun no he corrido espectros de ultravioleta-visible e infrarojo, he aprendido a preparar las muestras para ambos espectros y me han enseñado a como programarlos para ponerlos a funcionar. Esta semana estare por primera vez corriendo el espectro infrarojo junto a una de mis compañeras.

Tambien durante estos dias he entrado a varios bioblogs de las personas que estan tambien en el programa de BioMinds y ha sido de mucho agrado e interes. He aprendido sobre diferentes temas de investigacion que se estan llevando a cabo actualmente y con que propositos. Es impresionante la variedad de temas de investigacion. Hay algunos que no entendi muy bien de lo que hablaban pues hay muchos terminos que aun no entiendo pues no estoy a ese nivel todavia. Tambien tengo que mencionar que aprendi sobre diferentes tecnicas de laboratorio que no conocia y como trabajan. Entre los que visite puedo mencionar uno que hablaba de un derivado de la oxidacion del colesterol que induce la apoptosis en las celulas linfoides humanas, otros sobre estudiar microorganismos para buscar fuentes de energia alternas a las ya existentes y otro que me gusto mucho que era de desarrollar y caracterizar dispositivos  de canales micro-fluidicos para la electroporacion celular.